Knihovna AV ČR, v. v. i. (KNAV) zprostředkovává přístup ke službě AV ČR FAIR Wizard pro zájemce z celé AV ČR. FAIR Wizard je online služba pro snadnou tvorbu plánu správy dat (Data management plan/ DMP) – jedná se o samostatnou instanci open source nástroje Data Stewardship Wizard provozovanou společností Codevence Solutions, s.r.o.
Tento nástroj v průběhu vyplňování automaticky hodnotí míru naplnění FAIR principů a dalších metrik s doprovodnými vysvětlujícími komentáři například z přehledové publikace: MONS, B. Data stewardship for open science: implementing FAIR principles. Boca Raton: CRC Press, Taylor & Francis Group, [2018], ISBN 978-1-4987-5317-3. S otázkami jsou dále provázány i jednotlivé tématické kapitoly z Research Data Management Kit (RDMkit).
Většina otázek je tak propojena na externí zdroje, které dopodrobna vysvětlují jejich konkrétní účel a vztah k dobré správě dat. Uživatel je tak „veden“ při tvorbě DMP a prostřednictvím převládajících otázek s předdefinovanými možnostmi odpovědí je osvobozen od nutnosti „psát“ další přílohu projektové dokumentace.
V nástroji je možné také vypracovávat předvyplněné šablony ulehčující tvorbu dalších DMP na stejné instituci, výzkumném týmu či výzkumném zařízení. Systém uzavřených otázek (výběr z předdefinovaných odpovědí) a propojení na standardy typu FAIRsharing.org, kromě již uvedeného, umožňuje i budoucí snadné vyhodnocení vyplněných DMP a tedy i optimalizaci interních procesů.
Návod na využití nástroje AV ČR FAIR Wizard
1. Podpora tvorby DMP na AV ČR
Povinnosti pro zaměstnance AV jak postupovat při získávání, uchovávání a užití výzkumných dat si upravují jednotlivá pracoviště AV ČR samostatně. Pro aktuální informace o možnostech podpory a povinnostech ve vztahu k datům a tvorbě DMP na jednotlivých pracovištích je vhodné se obrátit na kontaktní osobu – Seznam odbornic a odborníků na Open Science na pracovištích AV ČR.
S dotazy a připomínkami k nástroji FAIR Wizard, s podněty k rozvoji tohoto nástroje, úpravě dotazníku a tvorbě zacílených šablon se obracejte na oddělení Open Science Knihovny AV ČR.
1.1 KNAV – podpora tvorby DMP
Knihovna AV ČR zprostředkovává přístup ke službě AV ČR – FAIR Wizard pro zájemce z celé AV ČR. Knihovna AV ČR doporučuje tuto službu jako vhodný technický nástroj pro přípravu DMP. Zvolené technické řešení – dotazníková aplikace postavená ve velké míře na uzavřených otázkách – umožňuje:
- strojovou zpracovatelnost,
- automatické vyhodnocení sledovaných metrik (FAIR, good DMP practice, openness),
- tvorbu různých verzí DMP pro jednotlivé fáze projektu (to je velká výhoda pro projekty financované např. TAČR, kde je požadováno dokládat aktualizované DMP při jednotlivých kontrolních dnech – tzn. 3 a více verzí DMP na projekt),
- tvorbu předpřipravených šablon zjednodušujících přípravu dalších DMP jednotlivými pracovišti a výzkumnými týmy,
- exportovat výsledný dokument do podoby požadované různými poskytovateli financí,
- v případě poptávky možnost tvorby české mutace reagující na požadavky českých poskytovatelů (aktuálně se čeští poskytovatelé odkazují na šablonu programu Horizon Europe a akceptují tak její podobu).
2. Nástroj AV ČR FAIR Wizard
FAIR Wizard je samostatnou instancí Data Stewardship Wizard, open source nástroje vzniklého a rozvinutého do produkční podoby v projektu ELIXIR za účelem systematičtější správy výzkumných dat.
2.1. Přihlášení:
Přístup z: https://avcr.fair-wizard.com/
Je možné se zaregistrovat svým zaměstnaneckým mailem nebo využít přihlášení přes eduID – Shibboleth a přihlásit se svým institucionálním přihlášením.
2.1.1. Rozhraní hlavních stránek
Po vytvoření uživatelského účtu můžete nástroj začít používat. Automaticky budete přihlášení v záložce “Přehled” v rozhraní Data Management Planneru, kde vidíte své nedávné projekty a ikonu k vytvoření nového projektu.
V druhé záložce “Projekty” Data Management Planneru najdete seznam všech Vámi tvořených projektů. Vpravo nad seznamem projektů máte ikonu k rychlému překliknutí na tvorbu projektů/DMP. Seznam projektů můžete podle různých filtrů i vyhledávat (název, datum vytvoření, datum aktualizace, štítky projektu, znalostní model a podle uživatelů). Ostatní projekty jiných uživatelů se Vám zobrazí pouze ty, které jsou veřejné. Aby jste je viděli, je třeba kliknout na ikonu s názvem Vašeho účtu a pak v rozbaleném seznamu uživatelů kliknout znovu na svůj účet a odebrat ho z vybraných.
V horní liště je čtvercová ikona vedle loga AV ČR Fair Wizard, která přepíná rozhraní hlavních stránek – Data Management Planner, Admin centra a User Guide (kompletní návod).
V rozhraní Admin centra jsou v záložce “Přehled” příklady vyplněných projektů v různých dokumentových šablonách. Najdete zde i odkaz na kompletní návod (“Learn about FAIR Wizard”) a ikonu (“Get started”) k rychlému překliknutí na tvorbu DMP/projektu.
V další záložce “User Groups” v rozhraní Admin centra můžete listovat seznamem vytvořených skupin uživatelů s různým přístupovým oprávněním (veřejné či privátní – pokud jste jejich členem). Seznam si můžete třídit dle abecedy, nebo přímo název vyhledávat.
2.1.2. User Groups
Ve FAIR Wizardu máte možnost si vytvořit skupinu uživatelů (User Groups), se kterými můžete hromadně sdílet Vaše projekty/DMP. Sdílení projektů může být užitečné v rámci výzkumných týmů, laboratorních týmů i vědců samotných, či skupin vědců reprezentující jednotlivé instituce.
Pokud jste založili novou skupinu, máte automaticky roli správce skupiny (owner). Ten může kdykoliv přidávat či odebírat další členy a zároveň jim měnit/rozšiřovat funkce z member (člen) na owner (správce) v rámci skupiny.
Tvorba veřejné User Group
Pokud chcete vytvořit novou veřejnou skupinu, musíte si nejprve přepnout rozhraní hlavních stránek na Admin Center a dále přes záložku User Groups kliknout na ikonu “Create”. Poté zadejte název, popis, členy a přístupová oprávnění skupiny (veřejná či privátní) a klikněte na ikonu “Create”. Pro lepší přehlednost v seznamu User Groups zadejte vždy do názvu veřejných skupin: „zkratka ústavu – libovolný název skupiny“. Pro představu může název skupiny vypadat takto: „KNAV – test nové skupiny Open Science oddělení“. Pokud název nějaké skupiny nebude obsahovat zkratku ústavu před libovolným názvem, název bude následně opraven administrátory z Knihovny AV ČR. Na závěr zkontrolujte úroveň zpřístupnění – u veřejných skupin neklikejte na ikonu “Privat”. Nyní je Vaše skupina viditelná všemi uživateli ve FAIR Wizardu. V rámci nich si může každý zobrazit přehled členů v dané skupině.
Tvorba privátní User Group
Pokud chcete vytvořit novou privátní skupinu, musíte si nejprve přepnout rozhraní hlavních stránek na Admin Center a dále přes záložku User Groups kliknout na ikonu “Create”. Poté zadejte název, popis, členy a přístupová oprávnění skupiny – klikněte na ikonu “Private” a následně ikonu “Create”.
U těchto soukromých skupin není potřeba dodržovat jednotnost v názvech skupin, jelikož kromě členů skupiny se ostatním nezobrazují v seznamu.
Knihovna AV ČR průběžně aktualizuje seznam jednotlivých uživatelů FAIR Wizardu a třídí je systematicky do veřejných uživatelských skupin podle pracovišť AV ČR.
Pokud budete potřebovat poradit s tvorbou User Groups, kontaktujte nás prostřednictvím emailu: dmp(at)knav.cz nebo openscience(at)knav.cz.
2.2. Vytvoření nového projektu:
Pro vytvoření nového projektu klikněte na tlačítko vytvořit.
Svůj DMP můžete vytvořit buď jako čistý nový projekt bez šablony (záložka Vlastní) nebo použít předdefinované šablony (záložka “Ze šablony projektu”).
- Šablony jsou částečně vyplněné DMP, které by měly výzkumníkům zjednodušit tvorbu jejich DMP.
- Může se jednat např. o šablonu DMP pracoviště, laboratoře nebo projektu, které obsahují předvyplněné opakující se údaje (číslo grantu, jména řešitelů, místo uložení dat apod.), které budou zpravidla stejné ve více DMP připravovaných danou skupinou uživatelů.
- Šablonu projektu mohou z DMP vytvořit uživatelé v roli Data Stewarda a vyšší. Pokud potřebujete pro svůj projekt, skupinu či pracoviště šablonu vytvořit, kontaktuje prosím Open Science podporu KNAV.
- Při zakládání nového DMP vždy volíte jeho název, pomocí kterého svůj DMP snadno rozpoznáte. Je doporučeno v názvu DMP uvádět např. akronym projektu, pro který DMP připravujete.
2.2.1. Volba dotazníkového průvodce (Znalostní model)
Pokud k založení nevyužíváte šablonu, je nutné zvolit tzv. Knowledge Model, tj. dotazníkového průvodce, který vás založením DMP provede.
DMP v Science Technology Math (STM) oborech (První a Druhá vědní oblast)
Pro tvorbu DMP pro STM obory je doporučeno využít Life Sciences DSW Knowledge Model, což je model přizpůsobený pro úplnou správu dat v oblasti life sciences.
K zorientování v data managementu a objevení dobré praxe v přírodních vědách doporučujeme Research Data Management toolkit for Life Sciences zpracovaný vědeckou komunitou kolem projektu ELIXIR.
Příklady v DSW vyplněných DMP z MUNI:
- DMP Example: Alliance for Life Sciences: From Strategies to Actions in Central and Eastern Europe (A4L_ACTIONS)
- DMP Example: Investigating the transcriptional regulation of auxin biosynthesis in Arabidopsis embryo (ITRABAE)
- DMP Example: Genetic and Community Diversity for Plant Stress Resilience (GENCOVER)
- DMP Example: Integration of RNA Biology for Next-Generation Scientists (INTEG-RNA)
- DMP Example: VŠCHT DMP Example – DSW-Horizon Europe
DMP v Humanities and Social Sciences (HSS) oborech (Třetí vědní oblast)
Pro tvorbu DMP pro HSS obory je doporučeno využít Common DSW Knowledge Model.
K zorientování v data managementu a objevení dobré praxe v sociálních vědách doporučujeme Data Management Expert Guide (DMEG) zpracovaný konsorciem CESSDA (Consortium of European Social Science Data Archives) a ERIC (European Research Infrastructure Consortium).
Je také možné vytvořit knowledge modely podrobněji zaměřené na některou z výzkumných oblastí (doplnění specifických otázek, vynechání pro daný obor nadbytečných otázek atp.). V případě zájmu o takovéto úpravy a větší zacílení, kontaktuje prosím Open Science podporu KNAV.
Příklad v DSW vyplněných DMP z MUNI:
2.2.2.Volba označení otázek relevantní pro konkrétní projektové výzvy (Question Tags)
Některé projektové výzvy (např. EU Horizon 2020, Horizon Europe apod.) mají zveřejněné pokyny k tvorbě DMP (např. šablony DMP apod.). AV ČR FAIR Wizard podporuje přípravu DMP pro tyto výzvy mimo jiné tím, že umožňuje v dotazníkovém průvodci filtrovat jen otázky specificky relevantní pro DMP dané výzvy. Pokud chcete otázky relevantní pro konkrétní výzvu či výzvy vyznačit, vyberte příslušnou sadu v sekci Question Tags.
Pokud žádnou sadu nevyberete, budou zobrazeny všechny otázky bez filtrování. Relevance otázek pro konkrétní DMP šablonu bude v dotazníkovém průvodci přesto vyznačena zobrazením příslušné popisky.
Projekt založíte kliknutím na tlačítko “Vytvořit”
2.3. Než začnete dotazník vyplňovat
2.3.1. Sdílení
DMP je možné sdílet se spolupracovníky. Možná je i souběžná editace podobně jako v Microsoft Office 356 nebo Google Docs dokumentech.
Sdílení se spolupracovníky z AV ČR
S osobami z AV ČR (registrovanými v této službě) můžete sdílet výběrem daného uživatelského účtu v sekci „Uživatelé“. Nejjednodušší bude vyhledávání dle emailu či jména uživatele. Pokud daného uživatele v seznamu nevidíte, pravděpodobně ještě nemá v systému založený svůj účet. Požádejte ho, aby se do AV ČR FAIR Wizard přihlásil, nebo DMP sdílejte pomocí odkazu (viz dále).
Sdílení se skupinami uživatelů z AV ČR
Projekty můžete sdílet s konkrétními User Groups, ať už veřejnými či privátními. Pokud hledáte veřejnou skupinu Vašeho pracoviště a neuvidíte jej v seznamu, pravděpodobně ještě nemá založený účet kvůli nízkému počtu uživatelů FAIR Wizardu z daného ústavu AV ČR.
Sdílení pro celou AV ČR
Pomocí volby “Viditelné pro všechny přihlášené uživatele” můžete svůj DMP sdílet pro všechny přihlášené uživatele.
Důrazně nedoporučujeme tuto možnost používat. Takto sdílené DMP jsou v sekci Projekty viditelné pro všechny přihlášené uživatele. AV ČR FAIR Wizard má mnoho uživatelů z různých pracovišť a je velmi pravděpodobné, že pro velkou část z nich bude takto sdílený DMP nerelevantní a bude jen zbytečně znepřehledňovat seznam DMP uživatele.
Využívejte raději sdílení s konkrétními osobami nebo veřejným odkazem.
Sdílení veřejným odkazem
DMP můžete sdílet s kýmkoliv na internetu, tj. i s osobami bez příslušnosti k AV ČR, vytvořením veřejného odkazu v sekci „Veřejný odkaz“. Při použití této volby volte opatrně úroveň oprávnění (viz dále) a okruh osob, kterým odkaz zpřístupníte.
2.3.2. Úrovně oprávnění při sdílení
Při sdílení máte možnost výběru z několika úrovní oprávnění:
- Zobrazit – Čtenář: Uživatel může DMP pouze prohlížet, nemůže provádět žádné změny nebo obsah komentovat.
- Komentovat – Komentátor: Uživatel může DMP prohlížet. Nemůže provádět změny obsahu, ale může k jednotlivým položkám přidávat komentáře.
- Editovat – Spolupracovník: Uživatel může DMP prohlížet, upravovat i komentovat.
- Spravovat – Vlastník: Majitel DMP, který může obsah prohlížet, upravovat, komentovat a spravovat sdílení.
Po nastavení sdílení nezapomeňte nastavení uložit kliknutím na tlačítko „Uložit„.
2.3.3. Fáze projektu
AV ČR FAIR Wizard vám poskytuje nápovědu k tomu, na které otázky z dotazníkového průvodce je vhodné se zaměřit prioritně na základě toho, v jaké fázi se váš projekt nachází. Na základě fáze projektu zvolené v sekci Aktuální fáze/Current Phase (viz vlevo nahoře na následujícím obrázku) vyznačuje AV ČR FAIR Wizard otázky důležité pro tuto fázi červeně, ty méně důležité šedě (viz pravá část následujícího obrázku). Počet důležitých, avšak nevyplněných otázek v každé sekci dotazníkového průvodce je zobrazen číslem za názvem sekce; modré zatržení indikuje, že v dané sekci jsou všechny prioritní otázky již vyplněny (viz vlevo dole na následujícím obrázku).
3. Vyplnění dotazníku
DMP je v AV ČR FAIR Wizard vyplňován pomocí dotazníkového průvodce, který vás postupně provede jednotlivými aspekty správy dat. Za tímto účelem je dotazník rozdělen do několika kapitol (Chapters), které shromažďují tematicky podobné otázky.
Pro každou z kapitol a otázek v ní jsou poskytovány nápovědné texty a odkazy na relevantní zdroje.
V závislosti na zvolené fázi vašeho projektu jsou v dotazníku dva druhy otázek:
- Prioritní otázky – Jsou podstatné pro danou fázi projektu; dokud nejsou zodpovězeny, jsou označeny červeně.
- Ostatní otázky – označeny šedě.
- Zodpovězené otázky jsou vyznačeny zeleně.
Otázky mohou vyžadovat odpovědi několika typů:
- Odpověď stručným volným textem.
- Odpověď delším volným textem.
- Výběr ze seznamu možností.
AV ČR FAIR Wizard pracuje na principu průvodce. Některé možnosti proto mohou být označeny ikonou menu. Při výběru možnosti bez ikony menu je otázka zodpovězena, výběr odpovědi s ikonou menu rozevře upřesňující možnosti (větev/sadu dalších podotázek).
- Přidám další položky.
Některé otázky umožňují přidávat více odpovědí stejného typu. Např. je možné vyznačit financování z několika zdrojů. Novou položku odpovědi k položce přidáte kliknutím na tlačítko + „Přidat„.
- Výběrem položky z nabídky automatického doplnění.
AV ČR FAIR Wizard je napojen na různé zdroje informací např. na databází FAIRSharing.org, ze kterých je možné čerpat informace k automatickému doplnění.
Pokud v odpovědním poli napojeném na zdroj informací k automatickému vyplnění začnete psát text, s drobným zpožděním se objeví nabídka položek z daného zdroje odpovídající dosud zadanému textu
Pokud některá z nabídnutých položek vyhovuje, doplníte ji kliknutím.
Pokud žádná z nabídnutých položek nevyhovuje, pokračujte v psaní a vyplňte vlastní hodnotu.
Pracujeme na integraci s ASEP a spravovanou autoritní bází.
K automaticky doplněné položce je přidán také odkaz na danou položku ve vzdáleném zdroji, typicky tedy perzistentní identifikátor dané položky z ontologie apod.
Pokud chcete vyplněnou odpověď smazat, můžete tak učinit kliknutím na tlačítko Odstranit odpověď/Clear answer.
Celou sadu odpovědí můžete smazat kliknutím na červený symbol popelnice.
3.1. Kapitola I: Administrativní informace
V této kapitole se uvádí všechny osoby, které přispívají k vytváření nebo provádění DMP. Kromě příjmení a jména osob, se uvádí email, jednoznačný trvalý identifikátor osoby ORCID a afiliace.
Důrazně doporučujeme zadávat jednoznačný perzistentní identifikátor osob ORCID.
Osobní identifikátory své osoby můžete (zpracovatel/ka ASEP) také vyplnit do autoritní báze ASEP. Pokud ORCID dosud nemáte, můžete si jej zdarma registrovat na https://orcid.org/.
Pole afiliace je navázáno na databázi institucí ROR, tj. ROR pracoviště můžete vyhledat přímo prostřednictvím příslušného pole dotazníku. Vaše pracoviště vyhledávejte podle názvu – s drobným zpožděním se Vám zobrazí nabídka. Po výběru se název vyplní ve formátu: „Czech Academy of Sciences, Library“, který vychází z doporučení k podobě afiliace v AV. Nepoužívejte ROR Akademie věd ČR, jde o obecný profil obsahující seznam ROR jednotlivých pracovišť.
K osobě se také uvádí role, jakou má na projektu.
Druhou částí této kapitoly jsou administrativní údaje o daném projektu – název, akronym, začátek a konec projektu, zdroje financování apod.
Třetí částí kapitoly jsou informace, zda je k provedení DMP potřeba další personální kapacity a software a hardware nad rámec dostupných na pracovišti. Možnosti a doporučení k datovým úložištím na AV ČR naleznete v příslušné sekci stránek o Open Science na AV ČR. Pokud budete potřebovat další pomoc, kontaktuje prosím Open Science podporu na Vašem pracovišti, případně KNAV.
3.2. Kapitola II: Využití stávajících dat
Je dobrou praxí zkontrolovat všechny možnosti opětovného použití stávajících dostupných dat, ať už vytvořených vámi v dřívějším projektu, nebo dat od jiných výzkumných týmů. Zahrnuje to opakovaně použitelná data, která byla vytvořena pro dřívější projekt, a také takzvaná „referenční data“.
Pokud žádná existující data nevyužíváte, v této sekci není třeba nic vyplňovat. Pokud stávající data využíváte, věnujte zvýšenou pozornost jejich licenci či jiným podmínkám použití. Obzvláště obezřetní buďte při využívání dat z lékařství a dalších oborů life sciences, případně z HSS oborů jako psychologie apod., kde můžete přijít do styku s osobními údaji, citlivými údaji apod. Použití takových dat může být podmíněno specifickým zacházením vyznačeným v podmínkách jejich použití.
Věnujte také pozornost plánování vhodného úložiště pro taková data, viz doporučení pro výběr vhodného datového repozitáře. V případě potřeby skladovat a sdílet již tzv. živá data v průběhu projektu doporučujeme využít služby sdružení CESNET (OwnCloud, FileSender, apod.). Sdružení CESNET kromě jiného zajišťuje bezpečné uložení dat v ČR a další související služby.
3.3. Kapitola III: Tvorba a sběr dat
V této kapitole se popisují všechny zdroje dat ve vašem projektu, např. data pocházející přímo z vašich přístrojů nebo dotazníků apod.; data mohou být nově sbírána jako součást aktuálního projektu, ale mohou to být také již existující data, na která jsou vyžadovány smlouvy s majitelem dat. Mohou to být také referenční data, která jsou součástí spravovaných zdrojů a (veřejných) databází. Popis dat v této kapitole zahrnuje: typ, formát, velikost, původ a uložení, metadata, organizace souborů a složek, sběr. Terminologie/ontologie dat je zde napojena na databázi, která zahrnuje běžně používané ontologie ve výzkumu.
Součástí kapitoly jsou otázky na původ dat – přístrojová a nepřístrojová data, na citlivost dat a vlastníka dat. Cílem této sekce je upozornit vás na různé aspekty práce s daty v rámci jejich životního cyklu ve výzkumném projektu. Pokud na některou z uvedených otázek neznáte odpověď, může to indikovat, že nemáte kompletní plán práce s daty v některé fázi projektu, případně nejsou vyjasněné podmínky vlastnictví a dalšího šíření dat apod.
Pro konzultace prosím kontaktujte Open Science podporu na Vašem pracovišti, případně KNAV.
3.4. Kapitola IV: Zpracování dat
V této kapitole se otázky zaměřují na výpočetní a úložné prostředí, které se používá ke zpracování dat a jejich zpřístupnění pro interpretaci partnery projektu. Některé z těchto otázek (např. o systémech pracovních postupů a původu dat) jsou také relevantní pro práci ve fázi interpretace. Dále jsou zkoumány prostředky ochrany dat před jejich ztrátou, zamyslíte se nad důsledky případného úniku do nepovolaných rukou, porušení jejich integrity apod.
Důležitou okolností také je, zda jsou předmětem zpracování osobní data nebo data jinak citlivého charakteru a plán ochrany takových dat.
3.5. Kapitola V: Interpretace dat
Interpretace dat je jeden z posledních kroků zpracování (často s manuálními zásahy), vizualizace a integrace dat. Otázky v této kapitole jsou zaměřeny na interoperabilitu dat.
3.6. Kapitola VI: Uchování dat
V této kapitole jsou řešeny otázky týkající se publikování dat a jejich dlouhodobé archivace. Ověříte si, že máte ustaven plán pro bezpečné uchování dat i po konci projektu, a to jak z hlediska technického, tak z hlediska business modelu, a to včetně plánování doby uchování, případně požadavků na řízenou skartaci dat apod.
3.6.1. AV ČR volba repozitáře
- Institucionání repozitář AV ČR – ASEP.
- Obecná doporučení pro výběr nejvhodnějšího repozitáře pro Vaše data.
- Výběr nejvhodnějšího – důvěryhodného repozitáře pro Vaše výzkumná data (OpenAIRE):
- Preferovány jsou důvěryhodné certifikované repozitáře.
- CoreTrustSeal (seznam certifikovaná repozitářů).
- Nestor Seal (verifikace dle DIN 31644).
- ISO 16363.
- Mezi nejpoužívanější obecné repozitáře patří
- Adresáře repozitářů:
- Open Access repozitáře: OpenDOAR
- Datové repozitáře: re3data.org
- Doporučení pro nakládání s daty (v oblasti life scinces) od ELIXIR RDMkit | Data publication
- Nástroj pro výběr vhodného repozitáře pro data (v oblasti life scinces) – EMBL-EBI’s data submission wizard.
- ELIXIR Deposition Databases list.
- Časopisem Scientific Data Journal (Nature) doporučené oborově setříděné repozitáře:
- Biological sciences: Nucleic acid sequence; Protein sequence; Molecular & supramolecular structure; Neuroscience; Omics; Taxonomy & species diversity; Mathematical & modelling resources; Cytometry and Immunology; Imaging; Organism-focused resources
- Health sciences
- Chemistry and Chemical biology
- Earth, Environmental and Space sciences: Broad scope Earth & environmental sciences; Astronomy & planetary sciences; Biogeochemistry and Geochemistry; Climate sciences; Ecology; Geomagnetism & Palaeomagnetism; Ocean sciences; Solid Earth sciences
- Physics
- Materials science
- Social sciences
- Generalist repositories
- Preferovány jsou důvěryhodné certifikované repozitáře.
3.6.2. Na co dát pozor při výběru repozitáře
- Přidělí repozitář vašim datům perzistentní identifikátor (např. DOI)? Díky perzistentním identifikátorům jsou vaše data snáze vyhledatelná a citovatelná. KNAV je schopna přidělovat DOI datovým sadám uloženým přímo v datovém repozitáři ASEP. Záznamům o datových sadách uložených v jiných repozitářích a vědeckým publikacím je přidělován perzistentní identifikátor handle.
- Je repozitář důvěryhodný/certifikovaný? U certifikovaných repozitářů máte větší jistotu, že je o vaše data dobře postaráno.
- Poskytuje vybraný repozitář otevřený přístup k uloženým datům? Pokud chcete svá data sdílet otevřeně, pak je toto klíčová informace.
- Opatří repozitář vaše data licencí? Uvádí jasné podmínky, za jakých lze data uložená v repozitáři využívat? Je důležité, aby uživatelé vašich dat věděli, jak s nimi mohou nakládat.
- Poskytne repozitář pro vaše data úvodní stránku s metadaty (tzv. landing page)? Metadata pomohou ostatním data najít, zjistit, co je to za data, a také, jak je citovat.
- Umožňuje repozitář verzování? Pokud svůj dataset aktualizujete, můžete aktualizovanou verzi nahrát jako novou verzi k původnímu datasetu? Nový dataset např. dostane přidělený svůj vlastní perzistentní identifikátor a uživatelé snadno zjistí, jaká je nejnovější verze nebo jaká verze byla použita v původní studii.
3.6.3. Relevantní zdroje pro uchovávání, sdílení a práci s „živými“ daty
Oddělení datových úložišť CESNET
- Služba může být využívána pro účely výzkumu, a to akademickými pracovníky a studenty výzkumných institucí v ČR.
- Datová úložiště jsou certifikována podle normy pro systém managementu bezpečnosti informací ČSN EN ISO/IEC 27001:2014.
- Případy použití:
- Datový prostor pro zálohování.
- Datový prostor pro archivaci.
- Datový prostor pro sdílení dat.
CESNET OwnCloud
- Nástroj pro synchronizaci souborů, podporuje synchronizaci dat na platformách Windows, Mac a Linux a na mobilních zařízeních s Android a iOS.
- Obdoba Google Drive, Microsoft OneDrive apod., ale provozovaná na CESNET infrastruktuře s vyšší standardně dostupnou kapacitou pro „neplatící“ uživatele.
- Přihlášení přes federaci identit eduID.cz.
- Pro vytvoření účtu postačuje první přihlášení do systému.
- Standardně poskytuje 100 GB kapacity na uživatele.
- Umožňuje sdílení dat ve skupinách, které si uživatel může nastavit.
- Dovoluje soubory sdílet webovým odkazem komukoli, komu odkaz sdělíte.
- Data zůstávají v ČR, sdružení CESNET nezískává žádná práva na uložený obsah, ten stále náleží vlastníkům dat.
Náročné výpočty (Metacentrum)
- Prostředí MetaCentra umožňuje využití zapojených výpočetních a datových zdrojů pro řešení velmi náročných výpočetních úloh, jejichž zvládnutí přesahuje možnosti samostatného pracoviště v ČR. Služba je dostupná i uživatelům bez nutnosti vkladu vlastních zdrojů.
- gridové výpočty | HPC cloudy | platformy (napr. Hadoop) | 38 000 výpočetních jader | aplikační licence
- Zapojení výpočetních a datových zdrojů pro řešení velmi náročných výpočetních úloh.
- Svěřená správa vložených výpočetních prostředků, integrace do datových úložišť.
- Široká nabídka aplikačního software.
- Integrace do mezinárodního výzkumného prostoru (ERA) a mezinárodní gridové infrastruktury (EGI).
- MetaCentrum zajišťuje a koordinuje provoz distribuované výpočetní infrastruktury (Národní Gridová Infrastruktura – NGI, která je součásti Evropské Gridové Infrastruktury – EGI).
3.7. Kapitola VII: Přístup k datům
Otázky v této kapitole se zabývají otevřeností dat, tj. způsobu jejich zpřístupnění dalším zájemcům. Řešeny jsou otázky způsobu zveřejnění, možná embarga, dostupnost metadat apod.
4. Pomocné funkce pro práci s DMP v AV ČR FAIR Wizard
4.1. Komentáře
Ke každé otázce může uživatel s právy komentátora nebo vyššími vložit komentář. Poznámky editora mohou přidávat a vidět pouze editoři a/nebo vlastníci projektu.
Pomocí komentářů můžete sdílet poznámky a diskutovat se spolupracovníky o daném tématu. Všechny komentáře naleznete v panelu komentářů, odkud můžete snadno přecházet k jednotlivým okomentovaným otázkám.
Zároveň lze v komentáři po jeho zveřejnění označit uživatele FAIR Wizardu pomocí kliknutí na ikonu osoby s příkazem “Assign comment thread”. Označenému uživateli přijde upozornění o označení emailem.
4.2. TODOs
Přidání TODO k otázce umožňuje označení nezodpovězených otázek nebo těch, které je potřeba ještě upravit.
Kliknutím na + Add TODO se otázka dostane do panelu TODO, který umožňuje snadnou navigaci ke všem otázkám označeným k dopracování.
4.3. Historie verzí
Po kliknutí na historií verzí se v pravé části zobrazí všechny verze a úpravy, včetně času a autora úpravy.
Po kliknutí na menu třech vertikálních teček máte možnost danou verzi formuláře pojmenovat, zobrazit stav vyplnění v dané verzi, vytvořit dokument (export vyplnění dotazníku do DMP dokumentu ve formátu PDF apod.) nebo celý dotazník vrátit do stavu vyplnění v této verzi.
Doporučujeme používat funkci pojmenování verzí tehdy, když je dosažen nějaký významný milník v přípravě DMP, např. se aktuální stav vyplnění používá pro export DMP pro předání grantové agentuře apod.
4.4. Automatické metriky FAIR a DMP atributů
Odpovědi na některé otázky jsou označeny barevnými nálepkami FAIR nebo Openness atributů. Přiřazené barvy indikují míru naplnění daného atributu zvolenou otázkou. Toho se následně využívá k tomu, aby AV ČR FAIR Wizard pro váš DMP automaticky vypočítal celkové metriky plnění – tedy míru naplnění jednotlivých principů FAIR, Openness nebo shodu s dobrou DMP praxí.
Tyto přehledy jsou pak dostupné na záložce Metrics, kde vám mohou pomoci s identifikací silných a slabých stránek vašeho plánu správy dat.
4.5. Nastavení projektu v AV ČR FAIR Wizard
Na záložce Nastavení v horní liště projektu lze měnit nastavení projektu. Je možné upravit popis projektu. K projektu je také možné přidávat tzv. štítky/tagy, tj. textové „nálepky“, které je možné následně používat v seznamu projektů k filtrování vyhledávání.
Po změnách nastavení nezapomeňte vše uložit kliknutím na tlačítko „Uložit“.
Používání tagů vám může pomoci snadněji si zorganizovat větší množství projektů do vlastních kategorií. Tagů je možné k projektu přiřadit více.
4.6. Volba šablony pro export DMP dokumentu
Pro vytvoření DMP dokumentu z vyplněného průvodcovského formuláře v AV ČR FAIR Wizard je třeba vybrat některou z exportních šablon, které řídí formátování výstupního dokumentu. AV ČR FAIR Wizard obsahuje několik předpřipravených šablon pro export DMP dle požadavků nejvýznamnějších projektových výzev (např. EU Horizon 2020, Horizon Europe apod.).
V části Default document template je pak možné vybrat, která z těchto šablon má být pro projekt nastavena jako výchozí. Volba výchozí výstupní šablony definuje generovaný náhled. Obdobně je v sekci Default document format možné vybrat výchozí exportní formát. Nabídka exportních formátů se liší dle zvolené exportní šablony. Jako výchozí formát dokumentu doporučujeme zvolit PDF nebo HTML, neboť použití tohoto formátu umožní zobrazení náhledu dokumentu.
4.7. Další nastavení
Na konci stránky Settings jsou k dispozici možnosti pro migraci projektu na jiný knowledge model, respektive jinou verzi knowledge modelu. Tyto migrace jsou nejčastější v okamžiku, že je zpřístupněna nová verze knowledge modelu, která např. rozšiřuje seznam otázek, upřesňuje některé odpovědi apod. Migrace probíhá pomocí intuitivního průvodce, který umožňuje zkontrolovat, a případně ručně modifikovat změny.
Volba Delete this Project pak umožňuje celý projekt smazat. Pozor, smazání projektu je nevratná operace.
5. Export projektu v AV ČR FAIR Wizard do finálního DMP dokumentu
Pro potřeby předání DMP dokumentu grantové agentuře apod. je možné z dat vyplněných ve formulářovém průvodci vytvořit dokument v různých formátech (např. PDF, HTML, MS Office Word Document apod.). Dokumenty je možné exportovat na záložce Documents.
Formátování dokumentu se řídí šablonou zvolenou v sekci Template. AV ČR FAIR Wizard obsahuje několik předpřipravených šablon pro export DMP dle požadavků nejvýznamnějších projektových výzev (např. EU Horizon 2020, Horizon Europe apod.).
V sekci Format pak můžete zvolit exportní formát, ve kterém bude dokument vytvořen. Nabídka exportních formátů se liší dle zvolené exportní šablony. Jako výstupní formát doporučujeme zvolit PDF, pokud již s dokumentem nebudete dále pracovat.
Pokud naopak plánujete do exportovaného dokumentu nějak zasahovat, doporučujeme zvolit jako výstupní formát MS Office Word document.
V případě potřeby systematických exportů v jiné podobě prosím kontaktujte Open Science KNAV.
Po nastavení všech parametrů dokument vytvoříte kliknutím na tlačítko „Vytvořit“.
Všechny vytvořené dokumenty zůstávají uloženy v sekci Documents, dokud je ručně nesmažete (přes položku Delete v menu třech vertikálních teček). V dokumentech se dá vyhledávat dle jména a seznam řadit dle různých kritérií. Dokumenty jsou skutečným exportem aktuálního vyplnění dotazníkového průvodce, pokud tedy budete následně dále upravovat vyplnění dotazníku, na obsah dříve exportovaných dokumentů tyto úpravy nebudou mít vliv. Pokud chcete zobrazit podobu dotazníku, z něhož byl dokument exportován, můžete tak učinit přes volbu „Zobrazit dotazník“ z menu třech vertikálních teček. Ze stejného menu můžete dokument stáhnout na svoje zařízení volbou Download.
Výchozím materiálem při přípravě tohoto návodu byly „Pokyny pro použití DSW MUNI pro přípravu DMP“ zpracované v rámci projektu Fondu rozvoje CESNET č. 674/2021 – Nasazení DMP nástroje Data Stewardship Wizard (DSW) v prostředí českých vysokých škol.