Towards open and standardised imaging data: an introduction to Bio-Formats, OME-TIFF, and OME-Zarr

Kdy: 28. 5. 2025, 15:30 – 16:30 (CEST)

EMBL-EBI v rámci projektu STANDFLOW pořádá sérii webinářů zaměřených na správu a sdílení obrazových i dalších multimodálních dat. Projekt propojuje moderní zobrazovací techniky s -omickými přístupy a využívá komplexní datové sady z výzkumných expedic, jako je například TREC (Traversing European Coastlines). Cílem je podpořit zavádění standardizovaných datových toků v oblasti tzv. planetární biologie (planetary biology).

Ačkoliv je část webinářů zacílena na specifické výzvy v environmentálním a mořském výzkumu, některé přinášejí prakticky využitelné poznatky pro širokou výzkumnou komunitu – zejména pro ty, kdo pracují s obrazovými či jinými komplexními daty. Všechny webináře jsou nahrávány a budou k dispozici i ve formě záznamu.

Webinář se zaměřuje na otevřené technologie vyvíjené iniciativou Open Microscopy Environment (OME), které řeší problém proprietárních formátů a fragmentace metadat v mikroskopických datech. Účastníci se seznámí s knihovnou Bio-Formats pro čtení a převod dat z desítek formátů, se standardem OME-TIFF pro dlouhodobé uchovávání dat a metadat a s formátem OME-Zarr, optimalizovaným pro škálovatelné cloudové zpracování. Webinář vysvětluje, jak tyto otevřené standardy přispívají k efektivní a interoperabilní správě multidimenzionálních obrazových dat v souladu s FAIR principy.

Registraci a více informací naleznete zde.

O EMBL-EBI

Evropská laboratoř molekulární biologie (EMBL) je přední mezinárodní výzkumná organizace v oblasti biologie a biomedicíny. Její součástí je institut EMBL-EBI (European Bioinformatics Institute) se sídlem ve Velké Británii, který poskytuje volně dostupné bioinformatické zdroje a koordinuje řadu mezinárodních iniciativ podporujících FAIR a otevřený přístup k vědeckým datům.

EMBL-EBI je také klíčovým partnerem evropské infrastruktury ELIXIR, která propojuje národní centra bioinformatiky a podporuje sdílení dat, nástrojů a vzdělávání napříč Evropou. Jeho vzdělávací aktivity (EMBL-EBI Training) jsou součástí ELIXIR Training Platform, která posiluje národní vzdělávací programy a podporuje rozvoj udržitelné infrastruktury v oblasti datové vědy a bioinformatiky.

Aktualizováno dne 19 května, 2025