A FAIR and scalable workflow for plankton phenogenomics at single cell level

Kdy: 11. 6. 2025, 15:30 – 16:30 (CEST)

EMBL-EBI v rámci projektu STANDFLOW pořádá sérii webinářů zaměřených na správu a sdílení obrazových i dalších multimodálních dat. Projekt propojuje moderní zobrazovací techniky s -omickými přístupy a využívá komplexní datové sady z výzkumných expedic, jako je například TREC (Traversing European Coastlines). Cílem je podpořit zavádění standardizovaných datových toků v oblasti tzv. planetární biologie (planetary biology).

Ačkoliv je část webinářů zacílena na specifické výzvy v environmentálním a mořském výzkumu, některé přinášejí prakticky využitelné poznatky pro širokou výzkumnou komunitu – zejména pro ty, kdo pracují s obrazovými či jinými komplexními daty. Všechny webináře jsou nahrávány a budou k dispozici i ve formě záznamu.

Tento webinář představí pracovní postup pro propojení zobrazovacích metod a sekvenace na úrovni jednotlivých buněk v oblasti mořské biologie. Účastníci se seznámí s platformou LABID, která umožňuje propojit environmentální vzorky se zobrazovacím tříděním buněk a jejich následnou sekvenací, a s využitím škálovatelného systému Nextflow pro identifikaci symbiontů. Pozornost bude věnována především uplatnění principů FAIR při návrhu reproducibilní a provázané datové infrastruktury.

Registraci a více informací naleznete zde.

O EMBL-EBI

Evropská laboratoř molekulární biologie (EMBL) je přední mezinárodní výzkumná organizace v oblasti biologie a biomedicíny. Její součástí je institut EMBL-EBI (European Bioinformatics Institute) se sídlem ve Velké Británii, který poskytuje volně dostupné bioinformatické zdroje a koordinuje řadu mezinárodních iniciativ podporujících FAIR a otevřený přístup k vědeckým datům.

EMBL-EBI je také klíčovým partnerem evropské infrastruktury ELIXIR, která propojuje národní centra bioinformatiky a podporuje sdílení dat, nástrojů a vzdělávání napříč Evropou. Jeho vzdělávací aktivity (EMBL-EBI Training) jsou součástí ELIXIR Training Platform, která posiluje národní vzdělávací programy a podporuje rozvoj udržitelné infrastruktury v oblasti datové vědy a bioinformatiky.

Aktualizováno dne 29 května, 2025