Elixír – projekty na podporu Open science

Ve dvou prioritních oblastech („buněčný a molekulární výzkum“ a „biodiverzita, bezpečnost potravin a patogeny“) bylo vybráno osm projektů, jejichž cílem je posílit otevřenou vědu a podpořit postupy FAIR v oblasti biologických věd. Projekty budou zahájeny v roce 2026. Úspěšné projekty jsou tyto:

Biodiverzita, bezpečnost potravin a patogeny

• BioDiv-FAIR-Checker: Raising FAIRness of European biodiversity data through ELIXIR-aligned standards, services and training  (Zvyšování FAIRness Evropských biodivesitních dat prostřednictvím Elixír standardů, služeb a školení)
  ELIXIR Nodes: France, Switzerland, UK
  Community: Biodiversity
  • plánované výstupy:
    • FAIR metriky a doporučení – zaměřené na hodnocení biodiversitních dat.
    • Pilotní datasety (genomická, druhová a eklogická data).
    • Zvýšení interoperability a nalezitelnosti dat.
    • Dostupná školení a další výstupy na vzdělávacím portálu TeSS.
    • Vylepšení indexace ve vyhledávačách – EOSC Search & Discovery a OpenAIRE.
• Building FAIR metadata standards for non-human pathogen genomic and phenotypic data (Vytváření FAIR metadatových standardů pro genomická a fenotypová data o nehumánních patogenech)
  ELIXIR Nodes: Germany, Norway, Portugal, Spain, Switzerland
  Community: Research Data Management
  • plánované výstupy:
    • FAIR metadata standard pro „non-human pathogen genomic a phenotypic“ data
    • Human- a machine-readable šablony a doporučení pro jasnou implementaci
    • Pilotně nahrané datasety do ENA, BioSamples a BioStudies databází
    • Otevřené tréninkové materiály (na vzdělávácím portálu TeSS a v příslušné komunitě na Zenodu)
    • Plány na dlouhodobou udržitelnost vytvořený standardů a na jejich využití napříč jednotlivými nody ELIXIR komunity.
• Creation of a virtual assistant guiding plant researchers in making their datasets FAIR compliant 
  ELIXIR Nodes: Belgium, Germany, Netherlands
  Communities: Plant Science, Research Data Management
  • plánované výstupy:
    • AI služba pro tvorbu strukturovaných metadat.
    • MetaBuddy webová aplikace a integrace se službou „ISA Wizard“.
    • Metadatové výstupy, které budou v souladu s vytvořenými (ISA-JSON, RO-Crate).
    • Vylepšená metadata pro datasety o fenotypech rostiln.
    • Udržitelný, open-source software pro potřeby komunity
• FAIRferm: FAIRifying microbiome–metabolome time-series data from food fermentation processes 
  ELIXIR Nodes: Greece, Italy, Netherlands, Portugal, Switzerland
  Communities: Food and Nutrition, Microbiome
  • plánované výstupy:
    • Metadatové standardy pro multi-omická data a jejich časové řady.
    • FAIRifikované datasety nahrané do ENA/MGnify a MetaboLights databází a prolinkovaná prostřednictvím BioSamples.
    • apod.
• KYBELE: Knowledge Yield from Biodiversity Literature through Large Language Model (LLM) Extraction 
  ELIXIR Nodes: Greece, Italy, Switzerland
  Communities: Biodiversity, Research Data Management
  • plánované výstupy:
    • FAIR-ifkovný katalog druhů, jejich vlastností a stanovišť.
    • Anotovaná dabáze „BiodiversityPMC“ obohacená o oborově spcecifické slovníky.
    • Veřejně dostupný jazykový model (LLM-powered) postavený na literatuře o biodiversitě.
    • apod.

Buněčný a molekulární výzkum

• FAIR annotation workflows for PDBe-KB via community-driven Nextflow development and training 
  ELIXIR Nodes: EMBL-EBI, Belgium, Czech Republic, Germany, Greece, Hungary, Israel, Italy, Norway, Spain, Sweden, UK
  Communities: Intrinsically Disordered Proteins, Proteomics
  • plánované výstupy:
    • Nejméněně 15 nově vytvořených a zdokumentovaných kontejnerizovaných Nextflow modulů.
    • Reprodukovatelnost zajištující postupy integrované do PDBe-KB databáze.
    • apod.
• FRET-IDP Community Resource: Integrating and standardising FRET data for disordered proteins 
  ELIXIR Nodes: Portugal, Hungary
  Community: Intrinsically Disordered Proteins
  • plánované výstupy:
    • Centrální, FAIR veřejný registr pro IDP-FRET datasety.
    • MIADE-FRET community reporting standard.
    • High-quality datasets určený pro ML model development.
    • Integrace mezi databázemi DisProt, MobiDB a PED, se zajištěním dlouhodobé udrižitelnosti…
    • apod.
• TELLME: LLM-based narratives to explain and empower systems biology research 
  ELIXIR Nodes: Spain, Netherlands, UK
  Communities: Single-Cell Omics, Systems Biology
  • plánované výstupy:
    • AI-driven, citation-rich narativní vysvětlení systematické biologie a multi-omických modelů.
    • Containerizované open-source služby registrované na bio.tools a kompatibliní se systémem Galaxy
    • Integrace databází Europe PMC, Ensembl, Reactome, MetaboLights, OpenTargets.
    • apod.

Aktualizováno dne 8 prosince, 2025