Open Science › Data management › Další webináře o FAIR správě obrazových dat

Další webináře o FAIR správě obrazových dat

EMBL-EBI v rámci projektu STANDFLOW pořádá sérii webinářů zaměřených na správu a sdílení obrazových i dalších multimodálních dat. Projekt propojuje moderní zobrazovací techniky s -omickými přístupy a využívá komplexní datové sady z výzkumných expedic, jako je například TREC (Traversing European Coastlines). Cílem je podpořit zavádění standardizovaných datových toků v oblasti tzv. planetární biologie (planetary biology).

Ačkoliv je část webinářů zacílena na specifické výzvy v environmentálním a mořském výzkumu, některé přinášejí prakticky využitelné poznatky pro širokou výzkumnou komunitu – zejména pro ty, kdo pracují s obrazovými či jinými komplexními daty. Všechny webináře jsou nahrávány a budou k dispozici i ve formě záznamu.

Přehled nadcházejících webinářů:

  • Data management in a bioimage informatics data flow

Kdy: 4. 6. 2025, 15:30 – 16:30 (CEST)

Tento webinář sleduje cestu obrazových dat z biologického výzkumu od jejich pořízení až po publikaci a zaměřuje se na to, jak efektivní správa dat a metadat může podpořit transparentnost, ověřitelnost a reproducibilitu vědecké práce. Upozorňuje na častou ztrátu kontextových informací v průběhu zpracování dat a nabízí praktická doporučení, jak tuto hodnotu zachovat pomocí systematického řízení dat. Účastníci získají přehled o klíčových výzvách spojených se sdílením a opětovným využitím dat a naučí se sestavit plán správy dat přizpůsobený specifikům biologického obrazového výzkumu.

Registraci a více informací naleznete zde.

 

  • A FAIR and scalable workflow for plankton phenogenomics at single cell level

Kdy: 11. 6. 2025, 15:30 – 16:30 (CEST)

Webinář představí pracovní postup pro propojení zobrazovacích metod a sekvenace na úrovni jednotlivých buněk v oblasti mořské biologie. Účastníci se seznámí s platformou LABID, která umožňuje propojit environmentální vzorky se zobrazovacím tříděním buněk a jejich následnou sekvenací, a s využitím škálovatelného systému Nextflow pro identifikaci symbiontů. Pozornost bude věnována především uplatnění principů FAIR při návrhu reproducibilní a provázané datové infrastruktury.

Registraci a více informací naleznete zde.

 

  • Open FAIR data: the role of public data archives

Kdy: 25. 6. 2025, 15:30 – 16:30 (CEST)

Tento webinář se zaměří na roli veřejných datových archivů při zajištění otevřeného a udržitelného sdílení vědeckých dat. Představí dva klíčové repozitáře využívané v biologickém zobrazování – BioSamples a BioImage Archive – a nabídne praktický přehled o postupech pro vkládání dat v souladu s principy FAIR. Účastníci také porozumí, jaký význam mají kvalitní metadatové anotace a jaké jsou možnosti propojení různorodých datových typů, zejména v případě komplexních multimodálních datasetů.

Registraci a více informací naleznete zde.

 

  • A Journey to FAIR bioimage data

Kdy: 2. 7. 2025, 15:30 – 16:30 (CEST)

Webinář se zaměří na praktické strategie pro správu rostoucího objemu a složitosti obrazových dat v biologii. Účastníci se seznámí s výzvami i řešeními pro efektivní ukládání, anotaci, zpracování a sdílení těchto dat v souladu s principy FAIR. Budou představeny nástroje a služby jako OMERO pro lokální správu dat, formát OME-Zarr pro cloudové ukládání rozsáhlých souborů a doporučení REMBI (Recommended Metadata for Biological Images) pro kvalitní popis dat pomocí ontologií. Důraz bude kladen na správné postupy při publikaci biologických obrazových dat, které podporují jejich dlouhodobou dostupnost a opětovnou využitelnost ve vědecké komunitě.

Registraci a více informací naleznete zde.

O EMBL-EBI

Evropská laboratoř molekulární biologie (EMBL) je přední mezinárodní výzkumná organizace v oblasti biologie a biomedicíny. Její součástí je institut EMBL-EBI (European Bioinformatics Institute) se sídlem ve Velké Británii, který poskytuje volně dostupné bioinformatické zdroje a koordinuje řadu mezinárodních iniciativ podporujících FAIR a otevřený přístup k vědeckým datům.

EMBL-EBI je také klíčovým partnerem evropské infrastruktury ELIXIR, která propojuje národní centra bioinformatiky a podporuje sdílení dat, nástrojů a vzdělávání napříč Evropou. Jeho vzdělávací aktivity (EMBL-EBI Training) jsou součástí ELIXIR Training Platform, která posiluje národní vzdělávací programy a podporuje rozvoj udržitelné infrastruktury v oblasti datové vědy a bioinformatiky.

Aktualizováno dne 29 května, 2025