Online kurz: Reproducible Research (tools and practices)

Práce s velkými objemy dat a jejich zpracování přináší řadu výzev. Tomuto tématu se věnuje bezplatný online kurz Reproducible Research II: Practices and tools for managing computations and data dostupný na platformě FUN MOOC. Kurz přináší informace o tom, jak spravovat výzkumná data, jaké nástroje a techniky lze využít pro kontrolu softwarového prostředí a jak automatizovat komplexní výpočetní analýzy.

Kurz představuje řadu open-source nástrojů a formátů, které podporují reproducibilitu ve vědecké práci. Účastníci se naučí, jak efektivně uchovávat a verzovat data pomocí Git Annexu, izolovat softwarové prostředí nástroji jako Docker, Singularity a Guix a automatizovat výpočetní workflow s využitím Make nebo Snakemake. Představí se také běžné datové formáty (např. FITS, JSON, HDF5) a platformy pro dlouhodobou archivaci dat a softwaru, jako jsou Zenodo nebo Software Heritage.

Kurz je aktuálně otevřen – díky formátu MOOC (Massive Open Online Course) je možné ho absolvovat vlastním tempem až do 31. prosince 2026. Registrace je otevřená do 17. prosince 2026. Po úspěšném absolvování (minimálně 50 % správných odpovědí v kvízech a praktických úlohách) lze získat Open Badge. Kurz se skládá ze čtyř samostatných modulů, které kombinují videopřednášky, kvízy, textové materiály a interaktivní úlohy v prostředí JupyterLab. Součástí kurzu jsou praktická cvičení založená na reálných scénářích, např. případová studie detekce slunečních skvrn.

Doporučuje se základní znalost práce v příkazovém řádku, systému Git a jazyka Python pro vědecké použití. Absolvování předchozího kurzu Reproducible Research: Methodological principles for transparent science není podmínkou, ačkoliv na něj tento kurz tematicky navazuje. První kurz je dostupný pouze ve francouzštině.

Kurz vznikl v Inria, francouzském Národním institutu pro výzkum v digitálních vědách a technologiích, a je nabízen prostřednictvím veřejné platformy FUN MOOC (France Université Numérique), která poskytuje bezplatné online vzdělávání ve spolupráci s více než 140 univerzitami a akademickými institucemi po celém světě.

Více informací a přihlášení ke kurzu naleznete zde.

Aktualizováno dne 26 června, 2026