Online kurz: Reproducible Research (tools and practices)
2025-06-01 - 2025-09-10 | online
Práce s velkými objemy dat a jejich zpracování přináší řadu výzev. Tomuto tématu se věnuje bezplatný online kurz Reproducible Research II: Practices and tools for managing computations and data dostupný na platformě FUN MOOC. Kurz přináší informace o tom, jak spravovat výzkumná data, jaké nástroje a techniky lze využít pro kontrolu softwarového prostředí a jak automatizovat komplexní výpočetní analýzy.
Kurz představuje řadu open-source nástrojů a formátů, které podporují reproducibilitu ve vědecké práci. Účastníci se naučí, jak efektivně uchovávat a verzovat data pomocí Git Annexu, izolovat softwarové prostředí nástroji jako Docker, Singularity a Guix a automatizovat výpočetní workflow s využitím Make nebo Snakemake. Představí se také běžné datové formáty (např. FITS, JSON, HDF5) a platformy pro dlouhodobou archivaci dat a softwaru, jako jsou Zenodo nebo Software Heritage.
Kurz je aktuálně otevřen – díky formátu MOOC (Massive Open Online Course) je možné ho absolvovat vlastním tempem až do 10. září 2025. Registrace je otevřená do 3. září 2025. Skládá se ze tří samostatných modulů, které kombinují videopřednášky, kvízy, textové materiály a interaktivní úlohy v prostředí JupyterLab. Součástí kurzu jsou praktická cvičení založená na reálných scénářích, např. případová studie detekce slunečních skvrn.
Doporučuje se základní znalost práce v příkazovém řádku, systému Git a jazyka Python pro vědecké použití. Absolvování předchozího kurzu Reproducible Research: Methodological principles for transparent science není podmínkou, ačkoliv na něj tento kurz tematicky navazuje. První kurz je dostupný pouze ve francouzštině.
Kurz vznikl v Inria, francouzském Národním institutu pro výzkum v digitálních vědách a technologiích, a je nabízen prostřednictvím veřejné platformy FUN MOOC (France Université Numérique), která poskytuje bezplatné online vzdělávání ve spolupráci s více než 140 univerzitami a akademickými institucemi po celém světě.
Více informací a přihlášení ke kurzu naleznete zde.
